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河海大學研究生院是國家最早設立的56所研究生院之一，是國家高層次人才培養和科技創新的重要基地。研究生院坐落在南京市區風景優美的清涼山麓。培養領域覆蓋了工、理、經、管、文、法等多學科，尤其是在水利學科研究生培養方面具有廣泛的社會影響，是我國最大的水利學科研究生培養基地。

學校研究生教育始于50年代，是國家首批招收博、碩士生的單位和全國最早開展研究生教育的學校之一。學?，F有1個一級學科國家重點學科（水利工程），7個二級學科國家重點學科，2個二級學科國家重點學科培育點，4個江蘇省優勢學科，2個省一級重點學科，2個省重點序列學科；6個國家級以及省部級重點實驗室、10個國家級以及省部級工程研究中心；15個博士后流動站；12個一級學科博士點，66個二級學科博士點；35個一級學科碩士點，198個二級學科碩士點，12種碩士專業學位類別，其中工程碩士專業學位涉及19個工程領域。現有博士生導師486人，碩士生導師2094人（含基地導師、兼職導師）,中國科學院院士、中國工程院院士14人（含雙聘院士）。水文水資源學院、水利水電學院、港口海岸與近海工程學院、土木與交通學院、環境學院、能源與電氣學院、計算機與信息學院、物聯網工程學院、機電工程學院、力學與材料學院、地球科學與工程學院、理學院、商學院、企業管理學院、公共管理學院、法學院、馬克思主義學院、外國語學院、體育系、大禹學院等20個院系可招收研究生。在校研究生14750人。

研究生院具有良好的研究條件，緊密依托學校各類研究院（所）、工程中心、實驗室培養高質量研究生。2007年以來，學校已有240余項國家及省部級科研成果獲獎，其中一批科研成果在理論上有重大突破，達到國際領先和國際先進水平。

研究生院堅持把提高研究生培養質量作為各項工作的重中之重。發起建設的長江黃河研究生培養基地、西部研究生培養基地被批準為國家研究生創新中心。全面啟動和實施研究生教育創新工程，大力開展研究生科技文化藝術活動，全面提高研究生的綜合素質、創新精神、創新能力。在培養工作中，既注重學術型、研究型研究生的培養，又注重應用型、復合型研究生的培養。培養的畢業研究生以品德好、基礎寬、重實踐、能力強的優點受到用人單位的歡迎，其中一些畢業生在三峽工程、黃河小浪底工程、南水北調工程等國家重大工程建設中發揮了領導和骨干作用。

研究生院積極推進國際合作與交流。目前已為亞洲、非洲、美洲、歐洲40多個國家和地區培養了近千名學生。已經與這些國家和地區的50余所大學和科研機構建立了穩定的校（所）際協作關系。隸屬聯合國教科文組織的國際水文水資源培訓與研究中心設在我校，同時設有環境、巖土、力學研究中心等國際合作科研基地。