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同濟大學一貫重視研究生教育，早在20世紀50年代初即在部分專業招收培養研究生。1978年學校恢復招收碩士研究生，1981年起招收博士研究生，同年被國務院學位委員會批準為首批有權授予博士、碩士學位的單位。1986年經國務院批準試辦研究生院，1996年經評估正式成立研究生院，成為我國培養高層次專門人才的重要基地之一。

我校現擁有博士學位授權的一級學科點31個(含僅有二級學科博士學位授權的一級學科3個)，有碩士學位授權的一級學科點55個(含僅有二級學科碩士學位授權的一級學科點6個)。博士碩士學位授權點學科覆蓋哲學、經濟學、法學、教育學、文學、理學、工學、醫學、管理學、藝術學等10大學科門類。其中土木工程、建筑學和交通運輸工程為一級學科國家重點學科;海洋地質、環境工程、工程力學、材料學、機械設計及理論、控制理論與控制工程、大地測量學與測量工程等7個學科為國家重點二級學科;基礎數學、凝聚態物理、車輛工程等3個學科為國家重點(培育)學科。上述學科在全國高校同類學科中處于優勢和領先地位;管理、理學、人文社科、醫學、藝術學等學科有了長足發展。我校還設有16個博士后科研流動站。

研究生教育三十多年來，同濟大學始終把全面提高培養質量作為研究生教育改革的指導思想，在嚴格質量管理方面采取了一系列切實有效的措施，取得了較好效果。在連續幾年全國百篇優秀博士學位論文評選中，有8篇入選。同濟大學為國家培養了一大批高素質的高級專門人才，至今已授予博士學位5085人，碩士學位36241人，其中有相當一部分已成為我國社會主義現代化建設的重要骨干力量和杰出人才。